1 El texto (en Rmarkdown)

La parte del texto suele ser la parte principal de un documento. En un archivo con extensión Rmd, todo lo que no sea encabezado o código, se interpretará como texto y se mostrará como tal.

Bajo esta interpretación podríamos terminar aquí la sección de cómo escribir texto en un archivo .Rmd. Sin embargo, en un texto generalmente queremos darle un cierto formato, es decir, resaltar algunas palabras, ponerlas en cursivas, además de colocar títulos y subtítulos entre otras cosas. Todo esto lo podremos realizar con Markdown. Markdown es un lenguaje de marcado que permite darle formato a un texto de manera relativamente sencilla.

Voy a citar el libro Hastings and Gross (2012) y McLean et al. (2007)

1.1 Sintaxis de Markdown

1.1.1 Títulos

Los títulos se producen con un número determinado de veces el símbolo #, antes del texto correspondiente al nivel de título deseado (en HTML se pueden tener hasta 6 niveles). Por ejemplo:

# Esto es un título de nivel 1

Esto es un título de nivel 1

## Esto es un título de nivel 2

##Esto es un título de nivel 2 {-}

Esto es un encabezado nivel 5 escrito en html

###### Esto es un título de nivel 6

######Esto es un título de nivel 6 {-}

1.1.2 Párrafos

Para crear párrafos, se deja una línea en blanco entre cada párrafo, por ejemplo:

Este es el primer párrafo

Este es el segundo párrafo

Por otra parte, para crear un salto de línea dentro de un párrafo, simplemente se dejan dos espacios al final de la última palabra de esa línea, de este modo:

Esta es la primera línea
y este es el salto de línea.

1.1.3 Formato del texto

Algunos formatos básicos de texto son: bold, cursiva, ~~tachado~~ y la combinación de estos. Por ejemplo:

**Esto es bold** se verá: Esto es bold
*Esto es cursiva* se verá: Esto es cursiva
~~Esto es tachado~~ se verá ~~Esto es tachado~~
***Esto es cursiva bold*** se verá Esto es cursiva bold
~~*Esto es cursiva tachado*~~ se verá ~~Esto es cursiva tachado~~

En el caso del asterisco (*), éste se puede cambiar por guión bajo (_), por ejemplo:

__Esto es bold__ se verá Esto es bold

También podemos poner subíndices y superíndices, utilizando los símbolos (~) y (^), respectivamente, Por ejemplo:

Subíndiice F~2~ se verá Subíncice F₂
Superíndice F^2^ se verá Superíndice F²

1.1.4 Listas

En Markdown se pueden crear dos tipos de listas, ordenadas y no ordenadas. Veamos cómo crear estos dos tipos de listas con algunos ejemplos:

Así definimos una lista ordenada

1. Primer componente de la lista
2. Primer componente de la lista
3. Primer componente de la lista

Primer componente de la lista
Primer componente de la lista
Primer componente de la lista

Para que una lista sea ordenada debe iniciar con un número, no importa el orden o si el número se repite. Al momento de visualizar el resultado se mostrará de manera creciente iniciando con el número uno y sin repeticiones.

Para las listas no ordenadas utilizamos cualquiera de los símbolos *, +, -. Por ejemplo:

Así definimos una lista no ordenada

* Un elemento de la lista
+ El siguiente elemento de la lista
* Otro elemento de la lista

Un elemento de la lista
El siguiente elemento de la lista
Otro elemento de la lista

Los símbolos se pueden utilizar combinados o de un único estilo, el efecto será el mismo.

Además, se pueden mezclar distintos tipos de listas y anidar unas dentro de otras, por ejemplo:

Así definimos una lista no mezclada (ordenada y no oredenada)

1. Esto es una lista ordenada
2. 2do elemento de la lista ordenada
    1. Lista ordenada anidada dentro de otra
        * Lista no ordenada anidada a 3er nivel
        * 2do elemento de esta lista
    2. 2do elemento de la lista ordenada anidada

Esto es una lista ordenada
2do elemento de la lista ordenada
1. Lista ordenada anidada dentro de otra
  - Lista no ordenada anidada a 3er nivel
  - 2do elemento de esta lista
2. 2do elemento de la lista ordenada anidada

1.1.5 Insertar hipervínculos e imágenes

Existen dos formas de insertar hipervínculos o enlaces. La primera está asociada a una palabra o frase, de tal forma que al momento de pasar el cursor por la palabra se visualizará el hipervínculo o al dar click en la palabra nos direccionará a la página asociada al hypervínculo. Por ejemplo:

[RMarkdown](https://rmarkdown.rstudio.com/index.html) es un paquete de RStudio ...

El resultado será:

RMarkdown es un paquete de RStudio …

La segunda forma es citar el hipervínculo explícitamente, de tal manera que se puede visualizar en el texto y al momento de dar clic en el hipervínculo nos direccionará a la página asociada a él. Simplemente: encerramos entre los caracteres menor < que y mayor que > la URL, por ejemplo:

Para consultar la información de RMardown puedes ir al sitio <https://rmarkdown.rstudio.com/index.html>

El resultado será:

Para consultar la información de RMardown puedes ir al sitio https://rmarkdown.rstudio.com/index.html

La manera de insertar imágenes es muy similar a la de creación de hipervínculos, con una única diferencia, se añade el carácter exclamación ! al principio de la pareja de corchetes que definen el nombre del enlace. Por ejemplo:

![Esta es una imagen extraída de un reportaje de la BBC](https://www.bbc.com/mundo/noticias-43129887) ](https://ichef.bbci.co.uk/news/800/cpsprodpb/166EA/production/_100128819_gettyimages-531256760.jpg.jpg)

Esta es una imagen extraída de un reportaje de la BBC

Con los parámetros width y height podemos controlar el tamaño de la image en porcentaje. Por ejemplo:

![Esta es una imagen extraída de un reportaje de la BBC](https://www.bbc.com/mundo/noticias-43129887) ](https://ichef.bbci.co.uk/news/800/cpsprodpb/166EA/production/_100128819_gettyimages-531256760.jpg.jpg){width=50% height=50%}

Esta es una imagen extraída de un reportaje de la BBC

1.1.6 Insertar vídeos de fuentes en línea

En este caso usaremos la notación de html

<div>
<p style = 'text-align:center;'>
<iframe width="600" height = "420"
src="https://www.youtube.com/embed/tgbNymZ7vqY">
</iframe>
</div>
</p>

2 Ecuaciones

Para agregar ecuaciones al documento se utiliza la misma sintaxis que en $\LaTeX$, por medio del símbolo $ o $$. Si la ecuación se encuentra entre un par de $, entonces la ecuación se escribe en línea, por ejemplo:

Las ecuaciones diferenciales que definen el modelo de presas y depredadores conocido como Lotka-Volterra son $\dot x = ax -bxy$ y $\dot y = -cy +dxy$. En este caso las ecuaciones quedarán en la misma línea que el texto.

Lo anterior se verá como:

Las ecuaciones diferenciales que definen el modelo de presas y depredadores conocido como Lotka-Volterra son $\dot x = ax -bxy$ y $\dot y = -cy +dxy$. En este caso las ecuaciones quedarán en la misma línea que el texto.

Por otra parte, si la fórmula se pone en medio de dos pares de $, entonces ésta se escribirá al centro de una línea. Por ejemplo:

Las ecuaciones diferenciales que definen el modelo de presas y depredadores conocido como Lotka-Volterra son $$\dot x = ax -bxy$$ y $$\dot y = -cy +dxy$$. En este caso las ecuaciones quedarán en la misma línea que el texto.

Las ecuaciones diferenciales que definen el modelo de presas y depredadores conocido como Lotka-Volterra son \[\dot x = ax -bxy\] y \[\dot y = -cy +dxy\]. En este caso las ecuaciones quedarán en una distinta línea que el texto.

2.1 Gráficos interactivos en RMarkdown

Podemos usar la librería de plotly para tener gráficos interactivos en la salida de html

library(plotly)

## Loading required package: ggplot2

## 
## Attaching package: 'plotly'

## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot

## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter

## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout

Con esta librería podemos a partir de cualquier objecto tipo ggplot en plotly, es decir en interactivo

Por ejemplo si usamos una de las bases de datos pre cargadas en R (mpg) tenemos

ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + 
  geom_point(mapping = aes(color = class)) + 
  geom_smooth(data = filter(mpg, class == "subcompact"), se = FALSE)

Pero podemos asignarla a una variable y luego convertirla en interactiva con la función ggplotly()

p<-ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + 
  geom_point(mapping = aes(color = class)) + 
  geom_smooth(data = filter(mpg, class == "subcompact"), se = FALSE)

ggplotly(p)

## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

2.1.1 Combinar dos gráficas con un control

2.1.1.1 No correr si no tienen o quieren instalar estas librerías

m_sf <- covid_sf %>% 
  filter(FECHA_RESULTADO == "2020-12-11") %>%
  mapview(layer.name = "distritos")

m_sf

2.2 Apéndice de temas extras

2.2.1 Citas bibiliográficas en RMarkdown

En RMarkdown podemos hacer citas con el formato de $\LaTeX$

Para ello necesitamos:

Un archivo de texto que contenga las referencias en formato $\TeX$, es decir de la forma:

@book{xie2018r,
  title={R markdown: The definitive guide},
  author={Xie, Yihui and Allaire, Joseph J and Grolemund, Garrett},
  year={2018},
  publisher={Chapman and Hall/CRC}
}

@book{mclean2007theoretical,
  title={Theoretical ecology: principles and applications},
  author={McLean, Robert McCredie May Angela R and others},
  year={2007},
  publisher={Oxford University Press on Demand}
}

@book{hastings2012encyclopedia,
  title={Encyclopedia of theoretical ecology},
  author={Hastings, Alan and Gross, Louis},
  number={4},
  year={2012},
  publisher={Univ of California Press}
}
@article{Dakos2015, author = {Dakos, Vasilis and Scheffer, Marten and 
Carpenter, Stephen R and Dakos, Vasilis and Nes, Egbert Van}, doi = 
{10.1146/annurev-ecolsys-112414-054242}, file = 
{:Users/robertoalvarez/Library/Application Support/Mendeley 
Desktop/Downloaded/Dakos et al. - 2015 - Generic Indicators of 
Ecological Resilience Inferring the Chance of a Critical Transition 
Generic Indicators of E.pdf:pdf}, mendeley-groups = 
{Criticalidad,Early Warning}, number = {November}, title = {{Generic 
Indicators of Ecological Resilience : Inferring the Chance of a 
Critical Transition Generic Indicators of Ecological Resilience : 
Inferring the Chance of a Critical Transition}}, year = {2015}
}

Usualamente dicho archivo, de texto, tiene extensión .bib

2.2.2 Notas de pie de página

Para agregar una nota al pie de página se pone entre corchetes el número de la nta de pie precedido de el símbolo ^, por ejemplo:

Esto es un texto con nota al pie [^1], por lo tanto debe aparecer abajo de la hoja.

[^1]: Aquí va el texto que aparecerá en la nota al pie de página.

Debe aparecer así:

Esto es un texto con nota al pie ¹, por lo tanto debe aparecer abajo de la hoja.

2.2.3 ¿Cómo colocar una liga a un título del mismo documento?

Para insertar un enlace hacia un título dentro del mismo texto, ponemos en corchetes el título o subtítulo hacia donde queremos generar la liga. Por ejemplo,

Esta forma de insertar enlaces es similar a la que vimos en la sección [Insertar hipervínculos e imágenes]

Se verá:

Esta forma de insertar enlaces es similar a la que vimos en la sección Insertar hipervínculos e imágenes

2.2.4 Usar emojis en el texto

¡Vamos a acampar! emo::ji(“face”)

¡Esto es muy divertido! emo::ji(“joy”)

2.2.5 Insertar tablas desde Markdown

Para crear tablas debemos indicar cuáles son los elementos de la cabecera y separar los campos con el símbolo “|” (pipe). Por ejemplo,

Columna 1 | Columna 2
-- | --
1 | 34
24| 16

Se verá:

Columna 1	Columna 2
1	34
24	16

Si se desea, por estética, se pueden alinear las columnas e incluso comenzar y finalizar las filas con el símbolo |, pero no es en absoluto necesario. Por ejemplo:

| Columna 1 | Columna 2 |
| --------- | --------- |
|     1     |     34    |
|     24    |     16    |

Se verá así:

Columna 1	Columna 2
1	34
24	16

Se puede especificar la alineación de cada columna mediante la adición de dos puntos a las líneas de separación. Por ejemplo:

Elemento | Cantidad | Precio 
:------- | :------: | -----: 
Prod 1   | 15       | $150  
Prod 2   | 3250     | $23,65

Elemento	Cantidad	Precio
Prod 1	15	$150
Prod 2	3250	$23,65

En este caso, dos puntos a la izquierda de la línea de separación hará que la columna esté alineada a la izquierda, dos puntos a la derecha de la línea hará que la columna esté alineada a la derecha, dos puntos en ambos lados significa que la columna se alinea al centro.

2.2.6 kable() y kableExtra

Existe otra forma de crear tablas, con una amplia posibilidad de cambiar la estética de las mismas. Para ello se utiliza la función kable que viene en el paquete knitr y el paquete kableExtra y flextable que se verán más adelante en esta guía. También puedes encontrar información en las siguientes ligas:

Para kableExtra:
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/kable.html https://cran.r-project.org/web/packages/kableExtra/vignettes/awesome_table_in_html.html
Para flextable:
https://davidgohel.github.io/flextable/reference/index.html#section-create-flextable

3 Adición de código de `R` en `RMarkdown`

El código normalmente se adiciona con la selección de una opción en la parte superior:

# knitr::include_graphics("picture/Figure2.png")

y abrirá un espacio entre llaves de la siguiente forma:

#```{r}

#```

En este espacio ya se puede adicionar el código que nosotros queramos de R o de otro programa como Python, SQL. Por ejemplo para python se vería con el mismo formato:

#```{python}

#```

En la Cheat Sheet de rmarkdown esta la sección de Embed code with knitr syntax.

Esta sección nos permitire ajustar las características del código que se escriba como lo veremos a continuación:

3.1 Chunk option: echo

Esta opción nos permite incluir el código dentro del texto. Por ejemplo:

#```{r echo=TRUE}
#
#library(tidyverse)
#
#```

library(tidyverse)

3.2 Chunk option: warning y message

En ocasiones por las versiones de los paquetes manda advertencias (warnings) y mensajes (message) en R. estos se pueden controlar con la opción warning=FALSE

library(tidyverse)

De esta forma solo sale el código sin más warnings

Es la misma opción para los message: message=FALSE y quedarán escondidos estos mensajes para el documento del RMarkdown.

#```{r echo=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE}
#
#library(tidyverse)
#
#```

Finalmente, si no queremos que salga absolutamente nada del código se coloca la siguiente opción echo=FALSE de la siguiente forma:

#```{r echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
#
#library(tidyverse)
#
#```

3.3 Insertar una figura y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

Esto se puede hacer con la opción knitr::include_graphics. y los parámetros que se incluirán serán los siguientes:{r, echo=FALSE, out.width='35%', fig.align='center'}. La opción out.width= es en porcentaje y para la alineación fig.align= son las opciones left, center y right para izquierda, centro y derecha respectivamente. para controlar el tamaño dela figura y también la posición. Usaremos la misma imagen que se utilizó de la BBC

#```{r, echo=FALSE, out.width='35%', fig.align='center'}
#
#url1 <- c("https://ichef.bbci.co.uk/news/800/cpsprodpb/166EA/production/_100128819_gettyimages-53125#6760.jpg")
#
#knitr::include_graphics(url1)
#```

3.4 Insertar una gráfica y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

Las figuras son muy semejantes a las imágenes. Por ejemplo con la siguiente figura con la base de datos iriscon las siguientes características del chunk: {r, echo=TRUE, out.width=‘50%’, fig.align=‘center’}

library(ggthemes)
data(iris)
plot1 <- ggplot(aes(x = Species, y = Sepal.Length),
                data = iris) +
  geom_boxplot() +
  geom_jitter(aes(colour = Species), size = 3, alpha = 0.3) +
  theme_minimal()
  
plot1

3.5 Insertar una tabla con la opción results

Ya previamente se vió como se puede hacer una tabla escribiendo el código (ver sección: 1.2.3 Insertar tablas desde Markdown) directamente en el texto. Ahora se harán las tablas con la función kable del paquete knitr. Escribamos directamente lo siguiente con las siguientes opciones: {r results=‘asis’, echo=TRUE}

iris1 <- head(iris)
knitr::kable(iris1, caption = "Tabla con kable")

Tabla con kable
Sepal.Length	Sepal.Width	Petal.Length	Petal.Width	Species
5.1	3.5	1.4	0.2	setosa
4.9	3.0	1.4	0.2	setosa
4.7	3.2	1.3	0.2	setosa
4.6	3.1	1.5	0.2	setosa
5.0	3.6	1.4	0.2	setosa
5.4	3.9	1.7	0.4	setosa

La función results= tiene tres opciones asis, hold y hide; las dos primeras dan casi el mismo resultado, se puede jugar con estas opciones para ver las diferencias. En caso de que se quiera ocultar el resultado se puede seleccionar la opción hide.

3.6 Insertar una tabla con los paquetes `flextable`

El paquete flextable permite muchas opciones para mejorar la presentación final de la tabla. Con la misma tabla pero con este paquete:

iris2 <- iris1 %>% 
  flextable()

iris2

Esta sería la forma más básica de la tabla. Ahora vamos a agregar algunas caracaterísticas que se irán explicando dentro del código:

iris2 <- iris1 %>%
  flextable() %>%  # Para convertir en un documento del tipo flextable
  autofit() %>%  # auto ajustar
  fix_border_issues(part = "all") %>%
  bold(part = "header") %>% # poner en negritas
  align(align = "center", part = "all") # para alinear

iris2

Con este paquete se puede resaltar alguna parte en particular de la tabla, por ejemplo:

iris2 <- iris1 %>%
  flextable() %>%  # Para convertir en un documento del tipo flextable
  autofit() %>%  # auto ajustar
  fix_border_issues(part = "all") %>%
  bold(part = "header") %>% # poner en negritas
  align(align = "center", part = "all") %>%  # para alinear
  color(., ~ Sepal.Width > 3.5, ~ Sepal.Width, color = "red") %>%
  color(., ~ Sepal.Length > 5, ~ Sepal.Length, color = "#2ca25f")

iris2

Finalmente cambiemos el color del fondo del encabezado

iris2 <- iris1 %>%
  flextable() %>%  # Para convertir en un documento del tipo flextable
  autofit() %>%  # auto ajustar
  fix_border_issues(part = "all") %>%
  bold(part = "header") %>% # poner en negritas
  align(align = "center", part = "all") %>%  # para alinear
  color(., ~ Sepal.Width > 3.5, ~ Sepal.Width, color = "red") %>%
  color(., ~ Sepal.Length > 5, ~ Sepal.Length, color = "#2ca25f") %>% 
  bg(., bg = "#fed976", part = "header")

iris2

El paquete flextable esta muy bien documentado y fácil de seguir para poder arreglar la gráfica como uno lo desee.

Finalmente para poder hacer un documento PDF. con el paquete tinytex te lleva paso a paso para lograrlo.

4 Estructura del YAML

Al momento de elaborar un documento tipo R Markdown se cre un YAML básico. Este contiene los siguientes elementos: título, autor, fecha y output. Los primeros tres elementos estan entre comillas (““) y se pueden modificar sin ninguna restricción. El último elemento, el output, esta escrito en formato de snake_case.

___
title: "Curso de RMarkdown"
author: "UAQ"
date: "14 de Mayo de 2021"
output: html_document
___

Existen varias opciones para la opción output:

html_document
pdf_document
word_document
odt_document
rtf_document
md_document
github_document
ioslides_presentation
slidy_presentation
beamer_presentation

Para este curso nos quedaremos con la opción html_document.

Vamos a empezar a agregar distintos componentes. nos podemos guiar de la lista de opciones que tienen para cada formato:

4.1 Agregar un subtítulo

Además de la opción title esta la opción subtitle. Pongamos en nuestro ejemplo lo siguiente:

___
title: "Curso de RMarkdown"
subtitle: "RConference"
author: "UAQ"
date: "14 de Mayo de 2020"
output: html_document
___

4.2 Agregar una Tabla de contenidos con la opción `toc`

para agregar la tabla de contenidos o índice se tiene que agregar la opción toc: true dentro del html_document:

___
title: "Curso de RMarkdown"
subtitle: "RConference"
author: "Roberto Álvarez"
date: "14 de Mayo de 2021"
output: 
    html_document:
      toc: true
___

Además la tabla de contenidos tienen otras opciones que nos van ayudar a que sea reactivo nuestro índice. Estan las opciones toc_depth y toc_float. toc_depth, nos va a permitir incluir en el índice los headers; si seleccionamos toc_depth: 3 significa que se incluirán headers con: #, ## y ###. Por su parte toc_float, nos permite colocar el índice de forma flotante del lado izquierdo (toc_float:true). Agreguemos estas opciones a nuestro YAML:

___
title: "Curso de RMarkdown"
subtitle: "RConference"
author: "Roberto Álvarez"
date: "14 de Mayo de 2021"
output: 
    html_document:
      toc: true
      toc_depth: 3
      toc_float: true
___

La opción toc_float tiene dos opciones: collapse y smooth_scroll, ambas son true por de fault, es decir que el índice estará colapsado y se irá abriendo conforme uno se vaya moviendo en el documento y al moverse en el documento se hará de forma suave. Desactivemos estas opciones. Quedaría de la siguiente forma:

4.2.1 Agregar número a cada sección con la opción `number_section`

Para numerar automáticamente cada una de las secciones sólamente se escoge la opción: number_section: true.

---
title: "Curso de RMarkdown"
subtitle: "RConference"
author: "Roberto Álvarez"
date: "14 de Mayo de 2021"
output: 
    html_document:
      toc: true
      toc_depth: 3
      toc_float: true
      number_section: true
---

4.2.2 Agregar un `theme`

En la opción theme se tienen los básicos incluidos como: "cerulean", "journal", "flatly", "darkly", "readable", "spacelab", "united", "cosmo", "lumen", "paper", "sandstone", "simplex", "yeti". Prueben varias opciones y vean los cambios que se presentan. El YAML quedaría de la siguiente forma:

---
title: "Curso de RMarkdown"
subtitle: "RConference"
author: "Roberto Álvarez"
date: "22/enero/2020"
output: 
    html_document:
      toc: true
      toc_depth: 3
      toc_float:
         collapsed: false
         smooth_scroll: false
      number_section: true
      theme: "cosmo"
---

Ejercicio: 2 minutos para jugar con estas opciones. Seleccionen la que les guste más.

4.2.3 Agregar un `highlight`

Al igual que la opción anterior se tienen varios highlightpara escoger: "tango", "pygments", "kate" y "zenburn".

4.2.4 Tamaño de las figuras con la opción `fig_width` y `fig_height`

La configuración de las figuras se puede hacer en cada chunk que se añada o se puede estandarizar desde el YAML, ejemlo:

output:  
html_document:  
fig_width: 6  
fig_height: 3

los valores de la gráfica están en pulgadas. Aunque el control de cada gráfica se puede hacer dentro del chunck y nos permite tener más flexibilidd para el diseño de cada gráfica de forma independiente. Por el momento no agregaremos la opción del tamaño de las figuras.

Nuestro YAML al final queda de la siguiente forma:


title: "Insertar Texto y  estilo al mismo con R Markdown"
author: "Roberto Álvarez"
date: "12/3/2021"
output: 
    html_document:
      toc: true
      toc_depth: 3
      toc_float:
         collapsed: false
         smooth_scroll: true
      number_section: true
      theme: "flatly"

Algunos sitio donde pueden conocer más sobre las opciones del RMarkdown:
## Bibliografía
+ https://monashbioinformaticsplatform.github.io/2017-11-16-open-science-training/topics/rmarkdown.html

https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html

Este RMarkdown fue hecho con las siguientes versiones de R y paquetes:

sessionInfo()

## R version 4.2.1 (2022-06-23)
## Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
## Running under: macOS Big Sur ... 10.16
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/lib/libRblas.0.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] flextable_0.8.1 ggthemes_4.2.4  forcats_0.5.1   stringr_1.4.1  
##  [5] dplyr_1.0.10    purrr_0.3.4     readr_2.1.2     tidyr_1.2.1    
##  [9] tibble_3.1.8    tidyverse_1.3.2 plotly_4.10.0   ggplot2_3.3.6  
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] nlme_3.1-159        fs_1.5.2            lubridate_1.8.0    
##  [4] httr_1.4.3          tools_4.2.1         backports_1.4.1    
##  [7] bslib_0.4.0         utf8_1.2.2          R6_2.5.1           
## [10] DBI_1.1.3           lazyeval_0.2.2      mgcv_1.8-40        
## [13] colorspace_2.0-3    withr_2.5.0         tidyselect_1.1.2   
## [16] compiler_4.2.1      cli_3.4.0           rvest_1.0.2        
## [19] xml2_1.3.3          officer_0.4.4       labeling_0.4.2     
## [22] sass_0.4.2          scales_1.2.1        systemfonts_1.0.4  
## [25] digest_0.6.29       rmarkdown_2.14      base64enc_0.1-3    
## [28] pkgconfig_2.0.3     htmltools_0.5.3     dbplyr_2.2.1       
## [31] fastmap_1.1.0       highr_0.9           htmlwidgets_1.5.4  
## [34] rlang_1.0.5         readxl_1.4.0        rstudioapi_0.13    
## [37] jquerylib_0.1.4     farver_2.1.1        generics_0.1.3     
## [40] jsonlite_1.8.0      crosstalk_1.2.0     zip_2.2.0          
## [43] googlesheets4_1.0.0 magrittr_2.0.3      Matrix_1.4-1       
## [46] Rcpp_1.0.9          munsell_0.5.0       fansi_1.0.3        
## [49] gdtools_0.2.4       lifecycle_1.0.2     stringi_1.7.8      
## [52] yaml_2.3.5          grid_4.2.1          crayon_1.5.1       
## [55] lattice_0.20-45     haven_2.5.0         splines_4.2.1      
## [58] hms_1.1.1           knitr_1.40          pillar_1.8.1       
## [61] uuid_1.1-0          reprex_2.0.1        glue_1.6.2         
## [64] evaluate_0.16       data.table_1.14.2   modelr_0.1.8       
## [67] vctrs_0.4.1         tzdb_0.3.0          cellranger_1.1.0   
## [70] gtable_0.3.1        assertthat_0.2.1    cachem_1.0.6       
## [73] xfun_0.33           broom_1.0.0         googledrive_2.0.0  
## [76] viridisLite_0.4.1   gargle_1.2.0        ellipsis_0.3.2

Bibilografía

Hastings, Alan, and Louis Gross. 2012. Encyclopedia of Theoretical Ecology. 4. Univ of California Press.

McLean, Robert McCredie May Angela R et al. 2007. Theoretical Ecology: Principles and Applications. Oxford University Press on Demand.

Aquí va el texto que aparecerá en la nota al pie de página.↩︎

Ejemplos de uso de RMarkdown

Roberto Álvarez

26 September, 2022

1 El texto (en Rmarkdown)

1.1 Sintaxis de Markdown

1.1.1 Títulos

Esto es un título de nivel 1

Esto es un encabezado nivel 5 escrito en html

1.1.2 Párrafos

1.1.3 Formato del texto

1.1.4 Listas

1.1.5 Insertar hipervínculos e imágenes

1.1.6 Insertar vídeos de fuentes en línea

2 Ecuaciones

2.1 Gráficos interactivos en RMarkdown

2.1.1 Combinar dos gráficas con un control

2.1.1.1 No correr si no tienen o quieren instalar estas librerías

2.2 Apéndice de temas extras

2.2.1 Citas bibiliográficas en RMarkdown

2.2.2 Notas de pie de página

2.2.3 ¿Cómo colocar una liga a un título del mismo documento?

2.2.4 Usar emojis en el texto

2.2.5 Insertar tablas desde Markdown

2.2.6 kable() y kableExtra

3 Adición de código de `R` en `RMarkdown`

3.1 Chunk option: echo

3.2 Chunk option: warning y message

3.3 Insertar una figura y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

3.4 Insertar una gráfica y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

3.5 Insertar una tabla con la opción results

3.6 Insertar una tabla con los paquetes `flextable`

4 Estructura del YAML

4.1 Agregar un subtítulo

4.2 Agregar una Tabla de contenidos con la opción `toc`

4.2.1 Agregar número a cada sección con la opción `number_section`

4.2.2 Agregar un `theme`

4.2.3 Agregar un `highlight`

4.2.4 Tamaño de las figuras con la opción `fig_width` y `fig_height`

Bibilografía

Ejemplos de uso de RMarkdown

Roberto Álvarez

26 September, 2022

1 El texto (en Rmarkdown)

1.1 Sintaxis de Markdown

1.1.1 Títulos

Esto es un título de nivel 1

Esto es un encabezado nivel 5 escrito en html

1.1.2 Párrafos

1.1.3 Formato del texto

1.1.4 Listas

1.1.5 Insertar hipervínculos e imágenes

1.1.6 Insertar vídeos de fuentes en línea

2 Ecuaciones

2.1 Gráficos interactivos en RMarkdown

2.1.1 Combinar dos gráficas con un control

2.1.1.1 No correr si no tienen o quieren instalar estas librerías

2.2 Apéndice de temas extras

2.2.1 Citas bibiliográficas en RMarkdown

2.2.2 Notas de pie de página

2.2.3 ¿Cómo colocar una liga a un título del mismo documento?

2.2.4 Usar emojis en el texto

2.2.5 Insertar tablas desde Markdown

2.2.6 kable() y kableExtra

3 Adición de código de R en RMarkdown

3.1 Chunk option: echo

3.2 Chunk option: warning y message

3.3 Insertar una figura y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

3.4 Insertar una gráfica y modificar sus dimensiones con out.width y su alineación con fig.align

3.5 Insertar una tabla con la opción results

3.6 Insertar una tabla con los paquetes flextable

4 Estructura del YAML

4.1 Agregar un subtítulo

4.2 Agregar una Tabla de contenidos con la opción toc

4.2.1 Agregar número a cada sección con la opción number_section

4.2.2 Agregar un theme

4.2.3 Agregar un highlight

4.2.4 Tamaño de las figuras con la opción fig_width y fig_height

Bibilografía

3 Adición de código de `R` en `RMarkdown`

3.6 Insertar una tabla con los paquetes `flextable`

4.2 Agregar una Tabla de contenidos con la opción `toc`

4.2.1 Agregar número a cada sección con la opción `number_section`

4.2.2 Agregar un `theme`

4.2.3 Agregar un `highlight`

4.2.4 Tamaño de las figuras con la opción `fig_width` y `fig_height`